Die Geschäftsstelle des HAW BW e.V. in Stuttgart bündelt alle Belange des Vereins, seiner Gremien und gemeinsame Interessen seiner Mitgliedshochschulen. Sie organisiert Sitzungen und übernimmt alle operativen Aufgaben eines Dach- und Interessenverbands. Die Geschäftsstelle wird von einem hauptamtlichen Geschäftsführer geleitet. Er koordiniert und pflegt in Abstimmung mit dem Vorstand Kontakte zum Landtag, dessen Fraktionen, zu Verbänden, zu politischen Parteien und zum Wissenschaftsministerium soweit sie den gemeinsamen oder den überwiegenden Interessen der HAW und dem Vereinszweck dienlich sind.